Blue Archive the Animation

สถาบันการศึกษาของเมืองแบ่งออกเป็นเขตของตนเองและส่วนใหญ่เป็นอิสระ สภานักเรียนทั่วไปทำหน้าที่เป็นคณะกรรมการบริหารสถานศึกษาโดยรวม อย่างไรก็ตามเนื่องจากการหายตัวไปอย่างลึกลับของประธานสภานักเรียน ปัญหานับไม่ถ้วนเริ่มปรากฏให้เห็นทั่วคิโวทอส เพื่อหลีกเลี่ยงภัยพิบัติ สภานักเรียนทั่วไปจึงขอความช่วยเหลือจาก Federal Investigation Club หรือที่รู้จักกันในชื่อ Schale (ชาเล่) ซึ่งพวกนั้นได้ขอแนะนำจากเซ็นเซย์ในการช่วยแก้ไขปัญหาในเมือง