เนื้อหาในฉบับภาพยนตร์จะเล่าถึงช่วงที่ “คิซารางิ” เรือรบสาวในชั้นประจัญบานได้จมหายไปในตอนที่ 3 ของภาคทีวีซีรีส์ ทำให้กองเรือ Mikawa Fleet ได้ทำภารกิจเข้าช่วยเหลือจนสามารถพาเธอจากสมรภูมิกลางทะเลจนกลับมาได้ แต่ตัวของคิซารางิกลับไม่สามารถจำจดใครได้สักคนเว้นแต่เพียงแค่ “มุทสึกิ” เพื่อนสนิทของเธอเองเท่านั้น… ขณะที่กองเรือน้ำลึกได้เริ่มบุกเข้ามาในน่านน้ำและยึดครองจนกลายเป็น “เขตทะเลสีแดง” ทำให้เหล่าสาวกองทัพเลขานุการต้องเข้าต่อสู้เพื่อปกป้องท้องทะเลแห่งนี้ การต่อสู้ของเหล่าสาวน้อยเรือรบประจัญบานจึงเริ่มต้นขึ้น ร่วมเป็นส่วนหนึ่งในการรบของพวกเธอได้ใน KanColle Movie
